本文选取2000-2009年闽台农产品贸易数据， 借助Gruble??Lloyd产业内贸易指数、Bruelhart边际产业内贸易指数以及Thom&McDowell垂直型和水平型边际产业内贸易指数， 从整体和分类两个层面对闽台农产品贸易结构的状况进行研究。研究结果表明： 闽台农产品存在产业内贸易和产业间贸易两种形式， 以产业间贸易为主， 贸易结构上有明显的互补性； 贸易结构的变动主要是产业间贸易引起的， 并呈增强态势； 产业内贸易方式主要是垂直型产业内贸易。基于研究结果， 提出了优化闽台农产品贸易结构的对策建议。