评价区域自主创新的绩效，对于改善创新管理、进一步提高创新系统的效率具有重要意义。本文基于技术创新的链式模式和创新活动过程的阶段性特征，提出了评价区域自主创新绩效的方法和概念模型；并以我国福建省为例，利用1995--2006年福建省区域自主创新的相关数据，运用DEA方法，对福建省创新过程中的知识创新、技术开发、设计制造、市场实现等环节的绩效进行了评价和分析。研究结果表明：福建省自主创新系统中的知识创新活动仍处于技术效率最佳和规模收益不变状态，继续增加知识创新资源投入仍将是合理的；技术开发活动已进入了规模收益递减阶段，规模无效率状况严重；设计制造活动的综合绩效较高，但2006年已出现规模收益递减现象。最后，提出了适当增加知识创新投入比例、提高技术交易的实现效率、增加技术改造资金投入比例等提高福建省区域自主创新绩效的对策建议。