本文分析了海峡西岸经济区的自主创新和产业结构情况；依据现代新增长理论，对海峡西岸经济区通过自主创新促进产业结构升级的路径进行了实证分析，分析结果显示：海峡西岸经济区的区域创新能力居全国第9位，产业结构已实现由“二、一、三”向“二、三、一”跨越，工业主导经济的作用进一步增强。最后，提出建议：海峡西岸经济区必须充分利用区域优势，加快创建协调高效的自主创新体系，加快产业结构的调整和转型，以实现区域经济又好又快发展。